Kościół p.w. św. Antoniego, wg projektu z Wyższej Deputacji w Berlinie, zbudowali ewangelicy w latach 1830-38, według projektu Karola Fryderyka Schinkla.
Jest to kościół halowy, późnoklasycystyczny, z dwoma wieżami od frontu. Nawy boczne są zabudowane dwiema kondygnacjami empor wspartych na filarach. Przy północnej ścianie znajduje się ambona, wykonana według starego projektu w latach 1936-1938. Do 1945 roku był kościołem ewangelickim.
Świątynia od 1946 r. stała się kościołem parafialnym. Starosta braniewski przekazał go katolikom w styczniu 1946 roku. Przez wiele powojennych lat budynek był jedynym kościołem parafialnym w Braniewie - do roku 1982 pod wezwaniem św. Katarzyny, w latach 1982-1992 pod wezwaniem Trójcy Świętej. W styczniu 1993 r. został wydany dekret tworzący parafię pw. św. Antoniego. W czasie obchodów Tysiąclecia Chrztu Polski podjęto prace nad restauracją wnętrza kościoła i wykonano polichromie (lata '90 XX w.).
Dnia 3 stycznia 2016 r. miał miejsce pożar kościoła - najtragiczniejsze wydarzenie w historii tej świątyni. W jego wyniku całkowicie spłonął dach wraz ze stropem, który częściowo zapadł się do wnętrza budynku. W akcji gaśniczej, którą utrudniał mróz, przyczyniający się do zamarzania hydrantów, brało udział 29 zastępów straży pożarnej, m.in z Braniewa, Elbląga, Gdyni. Z pożaru ocalały dwie charakterystyczne wieże i zabytkowe organy (choć uszkodzone w wyniku gaszenia obiektu). Dzięki mobilizacji straży pożarnej i mieszkańców ocalało zabytkowe wyposażenie świątyni, które zostało wyniesione w trakcie akcji ratunkowej.
Remont, mający na celu udostępnienie kościoła dla wiernych trwał ponad rok. Od Wielkiego Czwartku, 13 kwietnia 2017 r. w świątyni, choć nie do końca odremontowanej, sprawowane są nabożeństwa.
Zabytki kościoła (po pożarze nie wszystkie wróciły do świątyni):
- Krucyfiks późnogotycki z falistym ramieniem poprzecznym nawiązującym do Drzewa Życia z ok. 1520 r., z symbolami ewangelistów w medalionach
- Prospekt organowy późnoklasycystyczny
- Chrzcielnica drewniana, rokokowa, ok. poł. XVIII
- Dwa konfesjonały elektryczne z I poł. XIX w.
- Obraz Ukamienowanie św. Szczepana z II poł. XVII w.
- Biczowanie z pocz. XVIII w.
- Monstrancja promienista z 1764 r. pochodząca z kościoła św. Trójcy w Braniewie, wg napisu wykonał ją Zrizewitz (Jan Zachariasz Krzyżewicz z Kurlandii)
- Cztery świeczniki cynowe z XVIII w.
Żródło: Magdziarz Br., Kościoły i kaplice Archidiecezji Warmińskiej, t I, Święta Warmia, Olsztyn 1999.