Sanktuarium Krzyża Świętego - barokowe, orientowane, założone na planie krzyża greckiego
Miejsce na którym stoi kościół jest szczególne. Tu w 1626 r. w czasie wojen szwedzkich wydarzył się cud. Do obrazu, który wisiał na drzewie za miastem strzelali dla zabawy szwedzcy żołnierze. Trzy kule przeszyły obraz i natychmiast z powstałych otworów wypłynęła krew. To niezwykłe wydarzenie zostało potwierdzone przez wiarygodnych świadków, zarówno ze strony mieszkańców miasta jak i ze strony szwedzkiej armii. (Dziś fakt ten potwierdza obecność trzech otworów w płótnie obrazu o „kalibrze broni z tamtych lat” jak stwierdzono w dokumentacji konserwatorskiej, wykonanej w 2000 roku). Wieść o tym niezwykłym wydarzeniu rozeszła się wówczas po okolicy lotem błyskawicy. Dotarła również do stacjonującego w pobliskich Rogitach, królewicza Władysława, późniejszego króla Polski. Na jego życzenie obraz został zdobyty i odesłany do Warszawy. Miejsce w którym znajdował się obraz stało się miejscem licznych pielgrzymek i modlitw wiernych. Wykonano kopię obrazu i zawieszono go w dawnym miejscu. Jezuici w 1631 roku wybudowali tam małą drewnianą kapliczkę, którą w latach 1665-1668 powiększono do wielkości kościoła.
Cudowny obraz przez 40 lat przebywał najpierw na zamku królewskim w Warszawie a następnie w Paryżu, gdzie po utracie tronu wywiózł go Jan Kazimierz. Po wielu próbach odzyskania obrazu przez braniewskich jezuitów nastąpiło uroczyste przeniesienie go do nowo wzniesionej kaplicy w Braniewie dnia 10 października 1672 roku. Od tej pory przy cudownym obrazie miało miejsce wiele uzdrowień, a do sanktuarium przybywały liczne pielgrzymki i procesje.
Na budowę murowanego kościoła zezwolenie wydał biskup Teodor Potocki. W 1722 roku zaczęto gromadzić materiały budowlane. 9 sierpnia 1723 roku, gdy ściany świątyni były już wzniesione prawie pod same okna, część z nich runęła w wyniku wylania rzeki Pasłęki. Świątynia została ukończona i konsekrowana przez biskupa sufragana warmińskiego ks. Michała R. Łaszewskiego 2 września 1731 roku.Siły przyrody i kolejne wojny z Prusakami i Francuzami nie oszczędziły kościoła. Do upadku pozycji sanktuarium doprowadziła kasacja Zakonu Jezuitów. Opiekę nad świątynią przejęli księża z kościoła parafialnego św. Katarzyny w 1811 roku.
Od 1923 roku kustoszami Sanktuarium zostali niemieccy Redemptoryści, którzy zapoczątkowali nowy okres w dziejach świątyni. Zbudowali klasztor, którego budynek nawiązuje charakterem do bryły kościoła, odnowili świątynię oraz rozpropagowali kult cudownego obrazu. Po wojnie opiekę nad obiektem przejęli polscy Redemptoryści, którzy odbudowali zniszczony klasztor i odrestaurowali sanktuarium. Odnowiono organy oraz uszkodzoną od pocisków kopułę. Dziś po latach remontów i konserwacji Sanktuarium wygląda niemal tak samo jak dwa wieki wcześniej i jest jednym z najlepiej zachowanych zabytkowych budowli miasta.
Warte szczególnej uwagi:
Większość wyposażenia kościoła pochodzi z czasów jego budowy. Ołtarze, ambona, chór muzyczny, konfesjonał, lichtarze, ozdobne kraty–wszystko utrzymane w jednorodnym późnobarokowym stylu. Są tu dzieła znanych warmińskich artystów.
Ołtarz główny
z roku 1739 (z cudownym obrazem z datą 1625 r.) wykonany w pracowni snycerza J.K. Schmidta. Cudowny obraz, którego twórca pozostaje do dziś nieznany, prawdopodobnie powstał w któryś z gdańskich warsztatów. Obraz wyeksponowany na blasze w srebrnej sukience barokowej z XVIII w. przedstawia Wyeksponowany na „Tron Łaski” - Bóg Ojciec podtrzymuje ramiona krzyża z rozpiętym nań ciałem Chrystusa. Górą unosi się Duch Święty w postaci gołębicy w świetlistych promieniach. Po bokach Boga Ojca dwa adorujące anioły w pozycji klęczącej oraz księżyc i słońce. Treść obrazu wyraża najważniejszą prawdę o dziele odkupienia i zbawienia człowieka. Symbolika obrazu opiera się na liście św. Pawła do Rzymian, w którym apostoł uznaje, iż Bóg Ojciec wystawił przed całym światem swojego umęczonego Syna jak znak pojednania. Po bokach obrazu stoją figury apostołów: Jakuba, Andrzeja, Tomasza i Mateusza. W górnym zwieńczeniu ołtarza znajduje się obraz olejny przedstawiający św. Jana Nepomucena, drugiego patrona sanktuarium.
Boczne ołtarze z I połowy XVIII w. prawdopodobnie dzieło tego samego artysty.
Ołtarz maryjny
z zewnątrz przedstawiający obraz Matki Bolesnej, otoczonej zastępem aniołem, od wewnątrz - obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Wokół obrazu widoczni są świeci, którzy za życia Maryi byli z nią blisko związani: Joachim, Anna, Zachariasz, Elżbieta, Józef z Dzieciątkiem.
Drugi ołtarz boczny
w głównym obrazie przedstawia św. Walentego, zaś wewnątrz figurę Serca Pana Jezusa. Figury po prawej i lewej stronie to czterej Ewangeliści. W górnej kondycji stoją dwaj święci Doktorowie Kościoła, papież Leon i papież Grzegorz. Pomiędzy nimi mieści się obraz św. Józefa w chwale. Na zwieńczeniu ołtarza widnieje figura świętego Michała Archanioła.
Ambona z 1745 r.
dzieło T. Freya. Zdobiące ją figury przedstawiają św. Piotra i czterech Doktorów Kościoła. Na kopule ambony stoją małe figurki proroków Starego Testamentu, a na samym szczycie Mojżesz z wężem miedzianym w ręce – symbol Chrystusa na krzyżu.
Witraże z pocz. XX wieku
w dwóch skrzydłach drzwi wejściowych do nawy. Przestawiają sceny znalezienia i podwyższenia Krzyża Św. Witraże te są dziełem znanej na całym świecie pracowni Franza Mayera z Monachium.
Na skraju klasztornego parku usytuowana jest Droga Krzyżowa, której budowę rozpoczęto w 2000 roku z ofiar pieniężnych parafian i dobrodziejów, jako ich votum wdzięczności za Rok Jubileuszowy.